航天员在训练中仅练习操作技能是不够的，还需掌握飞行任务的程序，这就需要用到一些飞船模拟设备。航天员系统总设计师姜国华介绍说，飞船模拟设备的内部结构与真实的航天器相同，可以使航天员熟悉和体验飞行环境和过程。此前执行飞行任务的航天员，都曾利用飞船模拟设备进行训练。

　　据了解，此次神舟九号航天员使用的飞船模拟系统训练设备外观上和之前相比没有变化，依然继承了之前的常规训练设备，如离心机，转椅等都是历次飞行任务前要实施训练的。此次飞船模拟系统主要在程序和功能上有了较大的改进，它主要有三大特色。首先是舱内的人机界面不同，模拟系统设置全程序列，训练航天员从待发站一直到返回着陆的操作，新纳入了手动交会对接程序以及一些相关的故障处理设备。第二个训练设备是专项制作的一个手控训练模拟器，侧重于在140米到手控交会对接和从对接状态进行撤离的训练，有效补充全程训练资源分配上的不足。第三个模拟训练是被称之为组合体训练模拟系统，它主要负责模拟训练航天员在神舟飞船和天宫一号组合体内的停靠、驻留，让航天员熟悉组合体中的生活作息规律，同时还要航天员进行大量的科学实验，掌握太空实验的操作程序。