10月13日，日本各界继续关注中国“神舟六号”载人宇宙飞船成功发射。日本内阁官房长官细田博之对中国表示祝贺，并祝愿“神六”顺利返还。
        中国在日侨胞也以各种方式表达祝贺之情。日本华侨华人联合总会会长曾德深等表示，“神六”成功发射使海外华侨深受鼓舞和教育，衷心祝愿祖国更加繁荣昌盛，中华民族早日实现伟大复兴。日本新华侨华人会会长吴智深等表示，祖国的日益发展和强大，使海外华侨华人感到无比振奋和鼓舞，增添了作为中国人的自豪和骄傲。“神六”成功发射，将再次使世界关注中国，海外侨胞的生存和发展环境将进一步得到改善。
        日本各大媒体除继续大幅报道“神六”相关情况外，还进行了详细分析，《读卖新闻》、《每日新闻》、《东京新闻》等还就此发表专题社论。
        媒体较为集中的观点如下：中国成功发射“神六”，向世界展示了综合科技实力，提高了国际威望，有利于在世界政治、经济、军事等领域全面确立大国地位。中国也充分利用这一绝好机会进行自我宣传，弘扬爱国主义精神，增强民众爱国热情，巩固共产党的执政地位。日本在宇航领域已明显落后于中国，两年前“神五”发射曾给日本宇航事业带来“神舟冲击”,“神六”成功发射再一次带来“神舟震荡”。中日宇航技术差距越来越大，日本在与中国的竞争中明显失利。这是对日本长期以来在宇航领域只会花钱附美、依赖他国做法的极大讽刺。
        同时，媒体对中国发展宇航事业也明显存在疑虑，认为虽然中国一再申明将和平利用宇航技术，不将此用于军事目的，但仍难以完全打消日美及其他邻国的担心。因为中国宇航技术的研究与开发是在军方主导下进行的，长征火箭是在洲际弹道导弹基础上发展起来的，不排除中国军方将宇航技术用于反导和军事侦察，探查别国的军事设施及资源。此次发射也极大刺激美国等西方国家的神经，有可能旁证“中国威胁论”。
        《东京新闻》认为，中国仅用十多年时间，便取得如此骄人成绩，得益于其举全国之力。中国举国上下关注此事，大力开展宣传活动，充分显示出对本国宇航技术的重视与自信。2000年中国曾发表宇航白皮书，强调和平利用宇航技术，明确表示要加强国际合作。希望中方坚持这一方针，加强与国际社会的协调，积极参加国际宇宙空间站计划。
        《读卖新闻》认为，中国发射载人宇宙飞船，不但可以满足大国自尊，也可以增强中国科技的国际竞争力，提高产业技术水平，推动经济向前发展。从“神五”到“神六”，中国航天技术一步步扎实向前发展。中国将以此为资本，进一步扩大在亚洲的影响。国际环境可能因中国这一新的“航天大国”登场而更趋复杂。为应对新形势，日本必须重新检讨自身的宇航战略，改革组织机构，调整国际合作方针。
        《朝日新闻》认为，中国国内围绕“神六”发射开展宣传活动，其规模超过“香港回归”。同日，中国又举行全国运动会。这一系列活动显然着眼于2008年北京奥运，向内外展示举办国家的能力。如中国将日益提高的太空侦察能力运用于军事目的，日美台军事设施将完全处于中国的监控之下，台海军事平衡将被打破。
        《每日新闻》认为，中国以美国为竞争对手描绘宇航发展蓝图，意在抢占先机，追赶美国，获取丰富的太空资源。虽然中国对发射进行了现场直播，但其宇航事业仍蒙着一层面纱。为消除国际社会疑虑，中国应进一步明确和平利用宇航技术的方针，加强国际合作，增加透明度。人类社会已进入全球合作发展宇航事业的时代，日本应以何种姿态参与其中，如何开展对华合作，值得认真考虑。
        《日本经济新闻》认为，“神六”成功发射对美国刺激很大，有可能成为美进一步推进载人航天飞行的契机。日经还援引日本宇航专家的话称，中国宇航事业如此脚踏实地发展下去，十年后有可能赶上美国。
        《产经新闻》认为，中国发展载人宇航事业，目的在于阻止美国独霸国际宇航市场，并将宇航技术运用于军事现代化，以实现“新军事革命”。同时，中国也想借此提高在国际宇航领域的信用度，获取更多卫星发射商机。产经还诬称，中国宇航事业的成功，将在安保领域给日本带来很大压力。一些受西方制裁的国家将更多倒向中国，加强对华合作，成为其“卫星国”。这将进一步增加中国在国际政治、军事领域的发言权，成为其在国际社会对抗美国强有力的武器。