由于航天飞行对航天员的身体素质要求很高，因此需要对符合基本条件的候选者进行严格的医学选拔。航天员医学选拔包括临床医学选拔和生理功能选拔两大部分，目的在于优选出身体健康、身体素质好，以及对航天环境有较高耐力和适应性的人。医学选拔标准一般分为三级，指令长和驾驶员必须符合Ⅰ级，要求最高；任务专家或飞行工程师必须符合Ⅱ级，要求次之；载荷专家要达到Ⅲ级，要求最低。

　　临床医学选拔是航天员选拔中的基础和重要环节，主要是对候选人进行临床各科的身体检查和评定，目的在于淘汰那些在临床检查中不符合临床医学选拔标准的，有器质性或功能性疾病或障碍的候选人。这些问题或疾病，可能会妨碍他们作为航天员执行航天飞行任务。临床医学选拔一般采用病史调查、临床各科常规检查和特殊检查三种方法进行。

　　（1）病史调查
　　了解候选人和亲属的病史，对全面掌握和预测候选人的健康情况是非常重要和必要的。病史调查主要通过询问病史和查看医疗、保健、体检等健康记录资料这两种途径来完成。一位经验丰富的医生，通过问诊和分析病史，就能对许多疾病作出有价值的诊断，或发现一些潜在疾病。有些得过的疾病虽然好了，或者没有得过某种疾病，但家族有这种遗传病或有人得过，那么在航天飞行时，由于各种环境因素、任务负荷的刺激和影响，有可能导致旧病复发，或诱发出某种疾病。通过病史调查，可以全面了解候选人及其亲属的病史，如是否有心血管疾病、慢性传染病、哮喘病、颅脑损伤、过敏、晕车晕船、眩晕、耳鸣、夜盲、高血压、糖尿病、贫血、癫痫、精神病等病史。

　　（2）临床各科常规检查
　　临床各科常规检查采用临床上通用的常规检查方法，检查包括内科、外科、神经科、精神科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科等。如果选拔女航天员，还要进行妇科检查。

　　1）内科检查。内科检查采用临床上常规的检查方法，对候选者的心脏、肺脏、血管、胃肠道、肾脏以及血液和内分泌器官等进行检查，检查候选者是否有心血管系统、呼吸系统、消化系统、神经系统、血液、内分泌和代谢等方面的疾病和功能障碍。如有冠心病、高血压、心脏和血管畸形、肺结核、慢性支气管炎、支气管哮喘、慢性腹泻、习惯性便秘及胃肠功能紊乱、急/慢性肾脏疾病（史）、肝炎及其病史、肝炎病毒携带者、肝功能异常、甲状腺疾病、糖尿病及其病史、血液系统疾病、低血糖症、肥胖症、痛风、过敏性体质、类风湿性关节炎（史）等，均为不合格。

　　2）外科检查。包括对候选者的头颅、颈部、胸部、腹部、脊柱、四肢、皮肤、淋巴结、泌尿、肛门与生殖器等进行全面详细的检查，以排除外科系统的各种疾病，特别是脊柱的病变和慢性腰腿痛，同时也要观察候选者的身体发育情况，体型是否匀称，肌肉是否发达，精神是否饱满，反应是否灵敏和协调等。凡是有骨畸形或骨折（史）、颅内手术史、腹腔器官手术史、脊柱疾病或损伤、椎间盘脱出、骨质疏松、关节活动异常、牛皮癣、神经性皮炎、皮肤瘙痒症及其病史等，均为不合格。

　　3）神经科检查。包括对颅神经、运动神经、感觉神经、自主神经以及神经反射各方面的检查，以判断有无神经系统病变和病损部位。凡是有中枢神经系统疾病、自主神经系统疾病及其功能异常、眩晕、晕厥、癫痫、发作性睡病及病史、偏头痛及反复发作的头痛等神经系统疾病的，均为不合格。

　　4）精神科检查。精神科检查主要在外观、语言、行为、意识、思维、情感、运动、智能、定向力与自制力等方面观察有无异常，判断有无明显或潜在的精神疾病。凡是有精神分裂症及其他精神性障碍、躁狂症、抑郁症、人格障碍、意向控制障碍等精神与行为障碍或病史，均为不合格，有严重的酒精与药物嗜癖史也为不合格。

　　5）眼科检查。眼科检查除常规检查外，重点放在屈光、视野、眼压、明暗适应能力等方面。色盲、色弱、夜盲或暗适应能力差、白内障及晶状体疾病、青光眼、眼部肿瘤、角膜疾病、眼球突出、小眼畸形等，均属不合格。但戴眼镜的轻度近视的人，作为载荷专家和任务专家还是有希望的。

　　6）耳鼻咽喉科检查。航天飞行对耳鼻咽喉器官有较明显的影响，特别是耳气压功能、听觉功能和前庭功能，在航天环境中十分重要。鼻、鼻窦的通气及咽喉在影响或妨碍发音和吐字方面的疾病也需要重视。凡是有外耳畸形、慢性外耳疾病、耳气压功能不良、慢性鼻窦炎、过敏性鼻炎、慢性咽喉炎等疾病，以及未达到规定听力标准的，均为不合格。

　　7）口腔科检查。对航天员来说，口腔疾病检查也是很重要的，因为牙病会给航天员带来痛苦和危险。凡是有慢性牙周病、多发性龋齿、严重牙龈炎的，均为不合格。

　　8）妇科检查。对女性候选者必须进行妇科检查，并且在进行任何放射性检查之前，应做妇女妊娠测验。凡是生殖泌尿系统或附属解剖结构的任何致残障碍，妨碍任务执行的，均为不合格。有子宫和附件的任何急性和慢性疾病、复发性卵巢囊肿病史或子宫出血病史等，也为不合格。

　　（3）临床特殊检查
　　除了对候选者进行常规检查外，还必须采用一些特殊的物理和实验室检查方法，对其作进一步的深入检查，为临床医生提供更深层、更客观、更详细、更丰富的客观信息，帮助医生认识更深层次的疾病，确诊或排除疑难病，为今后对航天员的健康状况进行跟踪和评定提供基础资料。

　　临床特殊检查包括实验室检查和X射线检查、超声波检查、核磁共振成像检查、心电图、脑电图、肺功能、内窥镜检查及其他一些先进的无创伤物理检查。实验室检查主要包括临床化验、血液生化、血清学、免疫学、内分泌学和微生物学等方面的检查。实验室检查要采集血液、尿液和大便，进行常规和特殊的理化检查，对各种重要的身体内分泌激素、重要的酶和无机元素含量进行测定。此外还有排除特殊疾病的各种特殊检查，以及对疾病抵抗能力的免疫学指标检查等。