测控通信系统是载人航天工程的有力支持系统，它的任务是跟踪和获取航天器的各种信息，进行计算、处理和分析，对航天器进行控制和管理，是影响载人航天任务成败的关键。
　　我国载人航天工程测控通信系统的总体技术工作由跟踪与通信技术研究所负责。多年来，这个研究所的科研人员设计建设了具有中国特色的低投入、高效益、布局合理的新一代S波段统一航天测控通信网，是我国航天史上规模最大、系统最复杂、技术最先进、可靠性最高的系统，圆满完成了历次神舟号飞行试验任务测控通信工作，是我国航天测控技术领域的一个重要里程碑。
　　神舟六号载人航天飞行任务与神舟五号载人航天飞行任务测控通信系统的主要变化：
　　（1）为了实时能更加清晰的观察助推器分离，一、二级分离和整流罩分离和船箭分离等分离动作的景象，测控通信系统增配了上升段火箭遥测图像传输处理系统用于接收火箭遥测图像并进行解调、播放和实时监视。
　　（2）为保障载人航天工程火箭飞行整流罩分离等关键特征点的实况摄录，研制并在上升段航区配置了一台光学实况记录系统，可同时完成上升段助推器分离、级间分离等重要事件的实况记录。
　　（3）为保证开塔架前飞船信号的稳定接收，增配首区飞船测控通信数据转发设备。
　　（4）为提高测控通信覆盖率，在本次飞行任务中增加海事卫星数据中继系统进行海事卫星数据中继系统试验，完成数据传输和天地话音试验。
　　（5）马林迪站在载人航天第五次飞行任务中只具备工程遥测接收和VHF话音功能。考虑到载人航天第六次飞行任务及今后工程发展对马林迪站的测控通信需求，在载人航天第六次飞行试验任务前增加数传、遥控、话音功能，将马林迪站改造为一套全功能USB站。
　　（6）部分设备进行了改造，中心软件根据任务技术状态变化进行了相应调整。