神舟号飞船要完成很多科学试验和许多特定工作，这些动作的完成需要遥控系统的支持。所谓“遥控”，就是对火箭和航天器实现远距离控制。在测控系统中，将地面的控制指令变为无线电信号，远距离传输到航天器或火箭上，实现对它们的控制。地面人员不但可以跟踪飞船，掌握它的工作状态，而且还可以主动地对它进行干预和控制。当飞船出现故障时，需要采取紧急措施，如把有故障的仪器甩掉，命令备份仪器马上投入工作，告诉航天员采取哪些相应的措施等，甚至在紧急情况下决定飞船执行什么动作，命令飞船完成一些任务。比如飞船在飞行过程中，如果动力系统的管路发现破裂导致燃料泄漏，如果泄漏过多就可能无法返回，此时需要马上向飞船和飞船上的航天员发出返回指令，要求飞船停止一切工作立即返回。此时，飞船在地面遥控系统的指挥下，航天员和飞船上的控制系统就会共同执行返回命令，以防危险发生。遥控在载人飞船飞行中用于飞船的变轨、交会、回收等的轨道控制，用于姿态控制以及备份件切换和开关的控制，用以保障飞船及其他航天器的正常工作和运行，还用于飞船的数据注入，启动飞船的自主程序等。飞船遥控指令具有内容多，执行任务时间长和要求复杂等特点。