台湾的观察家对“神舟”五号的军事威胁十分关注。军事评论家张友骅表示，中国的侦察卫星在与地面结合后，将进一步提高对台湾的军事侦察能力。他说：“要看得到目标才打得准，中国大陆的飞弹威胁必然升高，而台湾则没有相同的侦察能力。”张友骅对于台湾的军事未来表示“十分悲观”。他说，“神舟”五号发射成功意味着中国的侦察能力大幅度提高，有能力整合陆海空三军的系统，对台湾的威胁“比导弹还大”，而台湾对此无能为力，只能更依赖美国。张友骅说：“‘神舟’五号证明中国的科技在地区性已经具备与美国抗衡的本钱。”民间军事专家认为，两岸的军事均衡将进一步向大陆倾斜，台湾领导人必须更谨慎处理两岸关系。
　　国防管理学院前校长帅化民中将表示，“神舟”五号并不是今天的成就，而是大陆太空科技发展10年以上的成果。 帅化民认为，太空是军事上的战略制高点，“神舟”五号代表的意义不只是对台湾的威胁，也影响了亚洲的军事均衡。中国希望成为亚洲的强权；无论是合作或竞争，中国在面对美国时都必须有自己的筹码。他表示，美国在冷战时代倾全力发展太空科技，但是在苏联解体后，美国对太空部署的投资明显下降，这给了中国一个急起直追的机会。虽然中国目前还没有与美国平起平坐的能力，至少在太空科技领域并没有交白卷。至于“神舟”五号对两岸的影响，帅化民说：“‘匪谍’的时代已经过去，现在是太空侦察的时代。中共目前有34颗各类卫星，让他们的飞弹击中率更精准。大陆太空科技已经使台湾的军事能力相对失衡。” 他表示，台湾要反制就必须有自己的卫星，或发展电子干扰技术；更重要的是，台湾领导人必须认清，“国家目标”与“军事能力”一定要配合，要独立就要与中国展开军备竞赛，而台湾已经越来越没有这个能力了。帅化民说：“导弹不可怕，领导人的决策和领导能力才是关键。台湾的政治目标必须清楚，不要给中共制造侵台的理由。”