2003年10月15日，“神舟”五号飞船发射成功后，台“行政院”发言人林佳龙对“神舟”五号“没有意见”。“国防部”军事发言人表示并没有准备就“神舟”五号发布新闻稿。陆委会也表示不会对“神舟”五号的发射发表评论，因为它与陆委会的业务并没有直接的关系。
　　台湾“国防部”10月16日称，中国大陆的太空计划具备军事用途，对台海安全将产生更大的威胁。“国防部”副部长陈肇敏指出，“国防部”对“神舟”五号发射过程都有掌握，完全了解状况，由于它对两岸关系，尤其是台湾的防卫作战会有很大的影响，“国防部”会密切注意未来的发展。台湾军方则宣称大陆对台军事目标的监视已从陆地上升至太空，台将在此压力下加大军事研发力度，提升与大陆对抗的军事实力。