神舟七号飞船发射升空后，如何保证关键测控段的测控通信？如何完成好中继卫星的各项试验？如何应对测控通信系统千军万马却各自分散的难题？这些问题成为中国载人航天工程测控通信系统备战神七时的严峻挑战。
    系统所要面临的第一个困难是怎么保证高可靠，船在海上漂，有很多不确定性，上面的测控、通信设备，万一有一个出现问题，它所要保证的那一段任务就无法完成，那也就不成其为连续覆盖了。限于我国现有的条件，考虑到代价的因素，布设测量船的地点和国外建站的地点都是选择的最关键段落。有些关键的参数决定着判断航天员能否正常出舱，是否正常返回等，这样一来，就意味着在这个地方必须把数据拿下来，不能出现意外。
    另外，通过２０多年努力谋划建设的天地基一体化的测控通信系统，这次终于迎来了试验的机会，一定要抓住这次机遇，尽可能地少留遗憾。在神七任务前，天链一号卫星的管理单位和测量站从卫星发射以后到入轨测试、到地面联试、再到星船地联试，解决了不少问题，状态良好。所有的总体设计人员对于天地基一体化的测控通信系统都满怀着信心，因为它凝聚着几代航天测控工作者的努力和心血。他们现在唯一的就是希望天基测控系统能够一炮打响，不会出现因为事先的设计、协调设备研制建设过程中没考虑到的问题而影响试验。因为，这会让这些总体人员愧对大家
    第三个挑战是因为人员和设备过于分散所造成的。神舟七号飞船的测控通信动用了５条远洋测量船、７个国内测控站和４个国外测控站，这对于设计和指挥系统来讲，如何能够及时了解和掌握各个部分的人员、设备的状况，快速处置任务过程中出现的问题带来很大的困难。拿远五、远六这两条新建的船来说，从下水试航到特装设备的调试，需要在海上漂两三个月，这期间只能通过卫通电话联系，想要安排一次与飞船的天地话音对接，时间上的协调，对接的组织协调，难度都非常大。而在国外的测控站，状态稍微有点变化，就必须花费更大的精力去解决。
    这些都给总体技术人员带来了很多困难，但在神舟七号任务开始前，他们已经将系统的状态调整到了最佳，将等待神七任务对系统的全面检验。